Klub Modelowania Molekularnego
Szanowni Państwo,
w naszym Klubie Modelowania Molekularnego chcielibyśmy się z Państwem dzielić informacjami dotyczącymi:
05.09.2023
Szanowni Państwo,
oto kolejna propozycja dla osób zainteresowanych komputerami kwantowymi i chemią obliczeniową:
We are pleased to announce the release of Tangelo 0.4.0. An open-source software package for the simulation of materials on current and future quantum computers. You can learn more about the new features at
https://github.com/goodchemistryco/Tangelo/releases
We have also started a newsletter (http://eepurl.com/igTr-D) to provide information about Tangelo and research performed with the software.
If you have any questions you can reach out to us on the Tangelo GitHub page by opening a discussion or issue.
Thanks,
The Tangelo team
15.04.2023
Szanowni Państwo,
ważna informacja dla użytkowników programu UCSF Chimera korzystających z jego zintegrowania z serwerami danych białkowych - bez aktualizacji do najnowszej wersji pewne usługi przestaną działać. Oto szczegóły:
Hello everybody,
A new production release of UCSF Chimera (version 1.17) is available:
https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/download.html
Updating to 1.17 is required to continue to use the following tools:
BLAST protein, Modeller comparative and loop modeling, and multiple sequence alignment with Clustal Omega and MUSCLE. Due to imminent changes in web services, these tools will soon stop working in older versions of Chimera. Version 1.17 can also fetch UniProt sequences (previously broken by UniProt website changes).
Alternatively or in addition, you may want to consider switching to UCSF ChimeraX instead, as it also has tools to run these web services, as well as many new features and enhancements.
https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/index.html
Note that Chimera 1.17 includes an export-to-ChimeraX feature, as detailed in the release notes:
https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/relnotes/1.17.html
Enjoy!
12.04.2023
Szanowni Państwo,
nowe możliwości przeszukiwania obszernych baz danych wymagają nowych narzędzi - przykładem są rozwiązania start-upu Molecular Quantum Solutions. Zapraszamy do zapoznania się z nimi:
Dear Computational Chemistry Community,
We have released a dashboard and an API for screening through quantum chemical data sets: https://mqs.dk
We hope this is of value for some members of the mailing list here and we wrote an introduction tutorial:
https://blog.mqs.dk/posts/getting_started_search_api_part1/
Feel free to let me know what you think and what kind of additional examples, data, tools you find helpful which could be integrated with the API for high-throughput screening.
Kind regards,
mark
--
Mark Nicholas Jones
02.02.2023
Szanowni Państwo,
oto jedna z alternatyw dla pakietów AutoDock ze Scripps Institute: DOCK z UCSF, również darmowy dla użytkowników akademickich, choć trzeba wypełnić formularz licencyjny.
We are pleased to announce the release of DOCK 6.10.
DOCK is a suite of programs for molecular docking.
The source code for DOCK 6.10 is available for download and free for academic users at http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/index.htm
(...)
For full information on what is new in DOCK 6.10, please visit:
http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/new_in_6.10.txt
Sincerely,
The DOCK Team
Please visit us at the DOCK Web site.
http://dock.compbio.ucsf.edu
05.11.2022
Szanowni Państwo,
kolejna wersja programu Modeller - 10.4 - ma status "minor update", ale to dobra okazja, by przypomnieć sobie o tym ciekawym pakiecie procedur do zwijania białek, przewidywania struktury na podstawie sekwencji i podobnego modelowania struktur białkowych. Oto co piszą autorzy:
A new version of Modeller, 10.4, is now available for download! Please see the download page at https://salilab.org/modeller/ for more information.
If you have a license key for Modeller 9 or 10, there is no need to reregister for Modeller 10.4 - the same license key will work. (It won't do any harm to reregister if you want to, though!)
10.4 is a minor update that supports residue names longer than three characters in mmCIF files, fixes an issue with the mod10.4 compatibility script on macOS Ventura 13 or later on Apple Silicon (ARM64/M1) machines, and adds support for Python 3.11 (and once conda and brew themselves support it, Modeller conda/brew packages will be made available for 3.11).
10.06.2022
Szanowni Państwo,
ukazała się wersja 1.4 programu ChimeraX, zapewniającego nie tylko wysokiej jakości wizualizację struktur molekularnych, ale też dostęp do wielu narzędzi bioinformatycznych. Oddajmy głos autorom programu:
UCSF ChimeraX version 1.4 has been released!
ChimeraX includes user documentation and is free for noncommercial use.
Download for Windows, Linux, and MacOS from:
https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/
(...)
Updates since version 1.3 (Dec 2021) include:
- search/retrieve from EBI AlphaFold DB 3rd release, ~1 million structures
- display AlphaFold predicted aligned error (PAE) plots
- can BLAST UniRef100,90,50 (+ previous choices AlphaFold, PDB, NR)
- AlphaFold prediction of multimers (of limited size) on Google Colab
(...)
- align sequences with Clustal Omega or MUSCLE
- calculate % identity in sequence alignments
- window toolkit updated to Qt 6.2.3 from 5.15.2
For details, please see the ChimeraX change log:
https://www.rbvi.ucsf.edu/trac/ChimeraX/wiki/ChangeLog
(...)
Elaine C. Meng, Ph.D.
UCSF Chimera(X) team
Department of Pharmaceutical Chemistry, University of California, San Francisco
01.12.2021
Szanowni Państwo,
oto kolejna wersja programu Modeller - oznaczona jako Minor Update, ale ulepszająca współpracę ze środowiskiem Pythona:
A new version of Modeller, 10.2, is now available for download! Please see the download page at https://salilab.org/modeller/ for more information.
(...)
10.2 is a minor update that adds support for Python 3.10. The Mac .dmg installer should now also work with Apple's Python 3 (although we generally recommend Homebrew or Anaconda for Python 3 users on Mac).
(...)
Ben Webb, Modeller Caretaker
09.06.2021:
Szanowni Państwo,
chemia obliczeniowa to nie tylko obliczenia strukturalne. Warto wspomnieć o modelowaniu kinetyki reakcji chemicznych - np. w ramach teorii stanu przejściowego. Jednym ze służących do tego programów jest Euringpy:
We are glad to share with you Eyringpy. It is a program for computing rate constants ( https://doi.org/10.1002/qua.25686 ) and monitoring primitive properties along the intrinsic reaction coordinate (IRC) ( https://doi.org/10.1002/qua.26684 ).
If you are interested in Eyringpy, visit our web page:
https://www.theochemmerida.org/eyringpy
Best regards,
The Eyringpy Team
Departamento de Fisica Aplicada, Centro de Investigacion y de Estudios Avanzados
Unidad Merida, Mexico
18.03.2021:
Szanowni Państwo,
wspomniana przez nas niecały miesiąc temu (co widzicie zaraz pod tym wpisem) duża aktualizacja programu Modeller doczekała się już nowej "małej wersji", 10.1. Dodano wsparcie dla procesorów Apple Silicon, a zatem jest to wersja szczególnie interesująca dla posiadaczy najnowszych komputerów Apple:
A new version of Modeller, 10.1, is now available for download! Please see the download page at https://salilab.org/modeller/ for more information.
03.02.2021:
Szanowni Państwo,
już raz zachęcaliśmy Państwa do zainteresowaniem się programem Modeller. Jego nowsze wersje pojawiają się całkiem często, ale tym razem otrzymaliśmy informację o poważniejszej zmianie możliwości kodu. Zachęcamy wszystkie osoby zainteresowane modelowaniem białek do zapoznania się z ofcjalną stroną Modellera:
A new version of Modeller, 10.0, is now available for download! Please see the download page at https://salilab.org/modeller/ for more information.
10.0 is a major update that adds support for residue numbers >= 10000 in PDB format files using hybrid-36 notation, assigns the chain ID 'A' to single-chain models to generate more standard PDB files, and uses CamelCase naming for all Python classes. See the Modeller manual for a full change log:
https://salilab.org/modeller/10.0/manual/node40.html
27.10.2020:
Szanowni Państwo,
wczoraj otrzymaliśmy informację o Jena Atomic Calculator (JAC). Poniżej zamieszczamy szczegółowe informacje na temat tego toolboxa w oparciu o maila Stephana Fritzsche (zamieszczamy fragment maila z technicznymi szczegółami; zaznaczamy również, o czym Autor maila pisze poniżej, że pozwala na udostępnienie tego maila osobom zainteresowanym):
JAC has been designed and implemented in Julia [cf. https://julialang.org/] in order to provide a simple and powerful platform for (just) atomic computations. Apart from the computation of atomic properties (HFS, isotope shifts, g- & form factors, ...) as well as processes (Auger, photoexcitation & emission, photoionization & recombination, dielectronic recombination, ...), these tools now include also novel features for describing -- more or less -- complex atomic cascades, following the initial photoexcitation & ionization or electron capture of open-shell atoms and ions across the periodic table.
You can make use of JAC as an easy-to-learn & interactive platform for performing various atomic computations and simulations. Moreover, a good number of IJulia/jupyter notebooks demonstrate different features of JAC and may help the user to quickly understand how such computations can be carried out with very moderate effort. You will find an `overview' and further `news' about JAC in the links below.
(...)
Indeed, JAC is a (very) large, though worthwhile and powerful, toolbox for which I kindly ask you as potential user and developer for response, support and/or encouragement for this open-source project. You are welcome to join this project or to request for additional features to this code. Please, feel free to distribute this email to those who might be interested in this code.
Thank you in advance for your support and with best wishes,
Sincerely yours
Stephan Fritzsche
Useful links:
JAC on Github: https://github.com/OpenJAC/JAC.jl
News about JAC: https://github.com/OpenJAC/JAC.jl/blob/master/NEWS.md
Overview to JAC: https://github.com/OpenJAC/JAC.jl/blob/master/Overview-Jac.pdf
Brief description: https://doi.org/10.1016/j.cpc.2019.01.012
User Guide & Compendium: https://github.com/OpenJAC/JAC.jl/blob/master/UserGuide-Jac.pdf
17.09.2020:
Szanowni Państwo,
kilka dni temu otrzymaliśmy informację o nowej wersji programu Modeller. Jest to program, który w najprostszym ujęciu pozwala przejść od sekwencji aminokwasów (struktury pierwszorzędowej) do proponowanego modelu struktury (3D) białka, ale... potrafi o wiele więcej. Niezastąpiony w modelowaniu białek!
A new version of Modeller, 9.25, is now available for download! Please see the download page at https://salilab.org/modeller/ for more information.
w naszym Klubie Modelowania Molekularnego chcielibyśmy się z Państwem dzielić informacjami dotyczącymi:
- metod Modelowania Molekularnego
- oprogramowania, które znajduje zastosowanie w rozwiązywaniu zagadnień chemii teoretycznej, a także
- informować o wykładach, czy też webinariach
05.09.2023
Szanowni Państwo,
oto kolejna propozycja dla osób zainteresowanych komputerami kwantowymi i chemią obliczeniową:
We are pleased to announce the release of Tangelo 0.4.0. An open-source software package for the simulation of materials on current and future quantum computers. You can learn more about the new features at
https://github.com/goodchemistryco/Tangelo/releases
We have also started a newsletter (http://eepurl.com/igTr-D) to provide information about Tangelo and research performed with the software.
If you have any questions you can reach out to us on the Tangelo GitHub page by opening a discussion or issue.
Thanks,
The Tangelo team
15.04.2023
Szanowni Państwo,
ważna informacja dla użytkowników programu UCSF Chimera korzystających z jego zintegrowania z serwerami danych białkowych - bez aktualizacji do najnowszej wersji pewne usługi przestaną działać. Oto szczegóły:
Hello everybody,
A new production release of UCSF Chimera (version 1.17) is available:
https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/download.html
Updating to 1.17 is required to continue to use the following tools:
BLAST protein, Modeller comparative and loop modeling, and multiple sequence alignment with Clustal Omega and MUSCLE. Due to imminent changes in web services, these tools will soon stop working in older versions of Chimera. Version 1.17 can also fetch UniProt sequences (previously broken by UniProt website changes).
Alternatively or in addition, you may want to consider switching to UCSF ChimeraX instead, as it also has tools to run these web services, as well as many new features and enhancements.
https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/index.html
Note that Chimera 1.17 includes an export-to-ChimeraX feature, as detailed in the release notes:
https://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/relnotes/1.17.html
Enjoy!
12.04.2023
Szanowni Państwo,
nowe możliwości przeszukiwania obszernych baz danych wymagają nowych narzędzi - przykładem są rozwiązania start-upu Molecular Quantum Solutions. Zapraszamy do zapoznania się z nimi:
Dear Computational Chemistry Community,
We have released a dashboard and an API for screening through quantum chemical data sets: https://mqs.dk
We hope this is of value for some members of the mailing list here and we wrote an introduction tutorial:
https://blog.mqs.dk/posts/getting_started_search_api_part1/
Feel free to let me know what you think and what kind of additional examples, data, tools you find helpful which could be integrated with the API for high-throughput screening.
Kind regards,
mark
--
Mark Nicholas Jones
02.02.2023
Szanowni Państwo,
oto jedna z alternatyw dla pakietów AutoDock ze Scripps Institute: DOCK z UCSF, również darmowy dla użytkowników akademickich, choć trzeba wypełnić formularz licencyjny.
We are pleased to announce the release of DOCK 6.10.
DOCK is a suite of programs for molecular docking.
The source code for DOCK 6.10 is available for download and free for academic users at http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/index.htm
(...)
For full information on what is new in DOCK 6.10, please visit:
http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/new_in_6.10.txt
Sincerely,
The DOCK Team
Please visit us at the DOCK Web site.
http://dock.compbio.ucsf.edu
05.11.2022
Szanowni Państwo,
kolejna wersja programu Modeller - 10.4 - ma status "minor update", ale to dobra okazja, by przypomnieć sobie o tym ciekawym pakiecie procedur do zwijania białek, przewidywania struktury na podstawie sekwencji i podobnego modelowania struktur białkowych. Oto co piszą autorzy:
A new version of Modeller, 10.4, is now available for download! Please see the download page at https://salilab.org/modeller/ for more information.
If you have a license key for Modeller 9 or 10, there is no need to reregister for Modeller 10.4 - the same license key will work. (It won't do any harm to reregister if you want to, though!)
10.4 is a minor update that supports residue names longer than three characters in mmCIF files, fixes an issue with the mod10.4 compatibility script on macOS Ventura 13 or later on Apple Silicon (ARM64/M1) machines, and adds support for Python 3.11 (and once conda and brew themselves support it, Modeller conda/brew packages will be made available for 3.11).
10.06.2022
Szanowni Państwo,
ukazała się wersja 1.4 programu ChimeraX, zapewniającego nie tylko wysokiej jakości wizualizację struktur molekularnych, ale też dostęp do wielu narzędzi bioinformatycznych. Oddajmy głos autorom programu:
UCSF ChimeraX version 1.4 has been released!
ChimeraX includes user documentation and is free for noncommercial use.
Download for Windows, Linux, and MacOS from:
https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/
(...)
Updates since version 1.3 (Dec 2021) include:
- search/retrieve from EBI AlphaFold DB 3rd release, ~1 million structures
- display AlphaFold predicted aligned error (PAE) plots
- can BLAST UniRef100,90,50 (+ previous choices AlphaFold, PDB, NR)
- AlphaFold prediction of multimers (of limited size) on Google Colab
(...)
- align sequences with Clustal Omega or MUSCLE
- calculate % identity in sequence alignments
- window toolkit updated to Qt 6.2.3 from 5.15.2
For details, please see the ChimeraX change log:
https://www.rbvi.ucsf.edu/trac/ChimeraX/wiki/ChangeLog
(...)
Elaine C. Meng, Ph.D.
UCSF Chimera(X) team
Department of Pharmaceutical Chemistry, University of California, San Francisco
01.12.2021
Szanowni Państwo,
oto kolejna wersja programu Modeller - oznaczona jako Minor Update, ale ulepszająca współpracę ze środowiskiem Pythona:
A new version of Modeller, 10.2, is now available for download! Please see the download page at https://salilab.org/modeller/ for more information.
(...)
10.2 is a minor update that adds support for Python 3.10. The Mac .dmg installer should now also work with Apple's Python 3 (although we generally recommend Homebrew or Anaconda for Python 3 users on Mac).
(...)
Ben Webb, Modeller Caretaker
09.06.2021:
Szanowni Państwo,
chemia obliczeniowa to nie tylko obliczenia strukturalne. Warto wspomnieć o modelowaniu kinetyki reakcji chemicznych - np. w ramach teorii stanu przejściowego. Jednym ze służących do tego programów jest Euringpy:
We are glad to share with you Eyringpy. It is a program for computing rate constants ( https://doi.org/10.1002/qua.25686 ) and monitoring primitive properties along the intrinsic reaction coordinate (IRC) ( https://doi.org/10.1002/qua.26684 ).
If you are interested in Eyringpy, visit our web page:
https://www.theochemmerida.org/eyringpy
Best regards,
The Eyringpy Team
Departamento de Fisica Aplicada, Centro de Investigacion y de Estudios Avanzados
Unidad Merida, Mexico
18.03.2021:
Szanowni Państwo,
wspomniana przez nas niecały miesiąc temu (co widzicie zaraz pod tym wpisem) duża aktualizacja programu Modeller doczekała się już nowej "małej wersji", 10.1. Dodano wsparcie dla procesorów Apple Silicon, a zatem jest to wersja szczególnie interesująca dla posiadaczy najnowszych komputerów Apple:
A new version of Modeller, 10.1, is now available for download! Please see the download page at https://salilab.org/modeller/ for more information.
03.02.2021:
Szanowni Państwo,
już raz zachęcaliśmy Państwa do zainteresowaniem się programem Modeller. Jego nowsze wersje pojawiają się całkiem często, ale tym razem otrzymaliśmy informację o poważniejszej zmianie możliwości kodu. Zachęcamy wszystkie osoby zainteresowane modelowaniem białek do zapoznania się z ofcjalną stroną Modellera:
A new version of Modeller, 10.0, is now available for download! Please see the download page at https://salilab.org/modeller/ for more information.
10.0 is a major update that adds support for residue numbers >= 10000 in PDB format files using hybrid-36 notation, assigns the chain ID 'A' to single-chain models to generate more standard PDB files, and uses CamelCase naming for all Python classes. See the Modeller manual for a full change log:
https://salilab.org/modeller/10.0/manual/node40.html
27.10.2020:
Szanowni Państwo,
wczoraj otrzymaliśmy informację o Jena Atomic Calculator (JAC). Poniżej zamieszczamy szczegółowe informacje na temat tego toolboxa w oparciu o maila Stephana Fritzsche (zamieszczamy fragment maila z technicznymi szczegółami; zaznaczamy również, o czym Autor maila pisze poniżej, że pozwala na udostępnienie tego maila osobom zainteresowanym):
JAC has been designed and implemented in Julia [cf. https://julialang.org/] in order to provide a simple and powerful platform for (just) atomic computations. Apart from the computation of atomic properties (HFS, isotope shifts, g- & form factors, ...) as well as processes (Auger, photoexcitation & emission, photoionization & recombination, dielectronic recombination, ...), these tools now include also novel features for describing -- more or less -- complex atomic cascades, following the initial photoexcitation & ionization or electron capture of open-shell atoms and ions across the periodic table.
You can make use of JAC as an easy-to-learn & interactive platform for performing various atomic computations and simulations. Moreover, a good number of IJulia/jupyter notebooks demonstrate different features of JAC and may help the user to quickly understand how such computations can be carried out with very moderate effort. You will find an `overview' and further `news' about JAC in the links below.
(...)
Indeed, JAC is a (very) large, though worthwhile and powerful, toolbox for which I kindly ask you as potential user and developer for response, support and/or encouragement for this open-source project. You are welcome to join this project or to request for additional features to this code. Please, feel free to distribute this email to those who might be interested in this code.
Thank you in advance for your support and with best wishes,
Sincerely yours
Stephan Fritzsche
Useful links:
JAC on Github: https://github.com/OpenJAC/JAC.jl
News about JAC: https://github.com/OpenJAC/JAC.jl/blob/master/NEWS.md
Overview to JAC: https://github.com/OpenJAC/JAC.jl/blob/master/Overview-Jac.pdf
Brief description: https://doi.org/10.1016/j.cpc.2019.01.012
User Guide & Compendium: https://github.com/OpenJAC/JAC.jl/blob/master/UserGuide-Jac.pdf
17.09.2020:
Szanowni Państwo,
kilka dni temu otrzymaliśmy informację o nowej wersji programu Modeller. Jest to program, który w najprostszym ujęciu pozwala przejść od sekwencji aminokwasów (struktury pierwszorzędowej) do proponowanego modelu struktury (3D) białka, ale... potrafi o wiele więcej. Niezastąpiony w modelowaniu białek!
A new version of Modeller, 9.25, is now available for download! Please see the download page at https://salilab.org/modeller/ for more information.